El Plan de Recogida Selectiva de Residuos que lleva a cabo Mercamálaga en su Punto Limpio, en colaboración con el Ayuntamiento de Málaga y Limasa, ha logrado mejorar su capacidad de almacenamiento y gestión de residuos con respecto a los niveles de los últimos años. El balance realizado durante este año registra un aumento de más del 10% con respecto a la cantidad recogida en 2013, donde se alcanzaron las 3.400 toneladas, frente a las 3.700 toneladas que se van a superar en este ejercicio 2014. El balance realizado  incluye los subproductos derivados de la venta de pescado,  cartón, madera y los restos procedentes de la actividad mayorista de frutas y verduras.
El Punto Limpio de Mercamálaga se puso en marcha con el equipamiento de 62 contenedores (Dumpers), distribuidos a lo largo de los muelles de carga para facilitar el vertido de los residuos del mayorista, dos autocompactadoras para la gestión de los residuos, en colaboración con el Área de Medio Ambiente del Ayuntamiento de Málaga y un Plan de concienciación destinado a los usuarios de la Unidad Alimentaria (mayoristas, minoristas y trabajadores)